El alumbrado interior de la iglesia dispone de un sistema avanzado de control, mediante una centralita, que regula tanto las luces como la intensidad de las mismas, en función de los espacios necesitados tanto en la visita turística como en su utilización eucarística facilitando así la apreciación de los singulares elementos arquitectónicos y muebles de una iglesia, como la del monasterio agustino recoleto de Yuso, que destaca por sus tres naves de igual altura.
La iluminación exterior, basada en potentes focos y puntos lumínicos más directos y discretos, resaltarán la belleza arquitectónica del monasterio riojano tanto en su fachada principal, como en la torre, o el patio interior donde se ubica la hostería y el Cilengua.
Los 160 puntos de luz se han disimulado mediante su colocación bajo la línea de tierra y se han colocado en los lugares estratégicos para la correcta iluminación de los más singulares elementos de un edificio de corte herreriano acorde con las trazas arquitectónicas predominantes en los siglos XVI y XVII.