A iluminação interior da igreja dispõe de um avançado sistema de controle, mediante uma central que regula tanto as luzes como a intensidade das mesmas, em função dos espaços destinados à visita turística ou à ação litúrgica. Desta forma se aprecia melhor cada um dos elementos arquitetônicos e móveis de uma igreja como esta do mosteiro agostiniano recoleto de Yuso, que chama a atenção por suas três naves de igual altura.
A iluminação exterior, baseada em potentes holofotes e pontos luminosos mais diretos e discretos, ressaltará a beleza arquitetônica do mosteiro riojano, tanto em sua fachada principal como na torre ou pátio interior, onde está o serviço hoteleiro e o Cilengua (Centro internacional de investigação da língua espanhola).
Os 160 pontos de luz se disfarçados colocando-os ao rés do chão, e em pontos estratégicos para a correta iluminação dos mais singulares elementos de um edifício de simetria herreriana conforme os traços arquitetônicos predominantes nos séculos XVI e XVII.