Una de las decisiones del 55º Capítulo General de la Orden fue la de reestructurar los secretariados y organismos de la Orden, buscando en ellos más dinamismo y eficacia. Al frente de cada uno de ellos está un consejero general que, junto a un equipo de trabajo internacional, coordina el área concreta encomendada.
El Secretariado de espiritualidad y formación, encomendado a Fr. Francisco Javier Monroy, está dividido en cuatro secciones: formación inicial, formación permanente, espiritualidad y liturgia y fraternidad seglar agustino recoleta.
El Secretariado de apostolado, coordinado por Fr. Raúl Buhay, tiene tres secciones: apostolado ministerial, apostolado misional y apostolado educativo. Debido a la amplitud de la presencia educativa de la Orden en el mundo de la educación, esta sección está encomendada a Fr. Antonio Carrón.
El Secretariado de vocaciones y juventud, al frente del cual está Fr. Juan Pablo Martínez, tiene dos secciones: pastoral vocacional y juventudes agustino recoletas.
Además de los secretariados, el 55º Capítulo General determinó la creación de dos comisiones encargadas del apostolado social y de los medios de comunicación y publicaciones. El coordinador de ambas es Fr. Antonio Carrón.
Otros órganos importantes en la Orden, encomendados a Fr. José Ramón Pérez (vicario y ecónomo general), son el Consejo económico y de patrimonio, y los institutos de la Orden: el Instituto de Espiritualidad e Historia y el Instituto de Agustinología.
Fr. Gabriel Robles ha sido designado para ejercer como procurador ante la Santa Sede y vice-postulador para las causas de canonización. Fr. Javier Tello, secretario general, colabora estrechamente con los consejeros generales en el desempeño de sus funciones.
De acuerdo a las Constituciones de la Orden, los consejeros generales asisten al prior general en el gobierno de la Orden. Todos conjuntamente son intérpretes y fieles ejecutores de las Constituciones, del Código adicional y de las ordenaciones del capítulo general. Todos residen en Roma y están en continua comunicación entre sí para fomentar la vida y comunión en la Orden a partir de las responsabilidades encomendadas.
Cada uno de los secretariados y comisiones ya ha presentado una programación de reuniones para los próximos meses que buscarán, entre otras cosas, facilitar y dinamizar el proceso de unión de provincias y los diferentes ministerios de la Orden.