Dia 25 de maio de 2005 os agostinianos recoletos assinavam, no Mosteiro de Yuso, um acordo com as fundações Caja Madri e San Millán para a restauração integral da igreja da Assunção com um orçamento de 4,6 milhões de euros. Cada uma das fundações contribuiria com dos milhões e a Província de São José da Ordem de Agostinianos Recoletos com os 600.000 euros restantes. As obras começaram em novembro de 2007 e terminaram em janeiro de 2011.
A restauração integral da igreja da Assunção solucionou os diversos problemas de conservação que afetavam tanto material e estruturalmente como a seu valor estético e a sua capacidade expressiva. Os danos causados pela umidade eram realmente sérios. Nos anos 2003 e 2004 se fez a restauração das abóbadas da nave central e de todo telhado do templo. As obras atuais consistem em drenagem perimetral na cabeceira da igreja, o saneamento e restauração do solo, a retirada do revestimento das colunas da nave central, fruto de intervenções anteriores, a total restauração das abóbadas e estruturas das naves laterais e da clarabóia, e seleção e substituição de telhas. Também foram limpos e restaurados todos os retábulos, púlpitos, grades, portas laterais, guarda-ventos da porta principal, a arcada do coro alto, os afrescos das capelas de Santo Agostinho, de Montserrat e das Relíquias, e a capela Paroquial.
Nos anos 2003 e 2004 se fez a restauração das abóbadas da nave central e de todo telhado do templo. A restauração esteve acompanhada de um plano para a difusão e conhecimento deste importante projeto. Desde 2007 foram realizadas oficinas educativas sobre arquitetura, paisagem, conservação de bens móveis e arqueologia que permitiram a mais de 3.600 alunos de distintos colégios conhecerem de perto uma obra de restauração através de uma aula didática preparada na própria igreja do Mosteiro.
Inauguração
No dia 25 de janeiro será apresentada à imprensa a igreja da Assunção totalmente restaurada. Voltará a ser usada como igreja paroquial do povo de San Millán de la Cogolla e voltará a ser incluída nos roteiros de turismo. A seguir o bispo da diocese, Juan José Omella, presidirá a primeira eucaristia neste grandioso templo cujo antigo esplendor foi recuperado.
O Prior Geral e o Vigário Geral da Ordem dos Agostinianos Recoletos se deslocaram de Roma para assistir à inauguração. O governo autonômico de La Rioja estará representado por seu presidente, Pedro Sanz, pelo conselheiro de Educação, Cultura e Esportes, pelo diretor geral de Cultura e pela coordenadora da Fundação San Millán. Por parte da entidade financeira Caja Madrid comparecerão seu presidente, Rodrigo Rato, e o diretor da Fundação Caja Madrid. Estará presente também o diretor do departamento de Conservação do Patrimônio Histórico Espanhol.
As principais dificuldades surgiram com a aparição das ruínas do antigo Mosteiro românico que data do ano 1067. Isto suscitou uma polêmica sobre cobrir ou não os vestígios arqueológicos. De fato, o que se pretendia era algo bem mais discreto e se pensava que a execução tardaria só uns meses, mas se prolongou por quase dois anos. Toda a igreja é um grande cemitério. Desde sua primeira consagração, no século XI, até fins do século XIX, se utilizou para este fim. Foram milhares os esqueletos que apareceram durante a restauração. Todos eles foram exumados e incinerados. A comunidade fez uma cerimônia para devolver as cinzas ao lugar da igreja em que haviam sido encontrados os corpos.
A arqueologia também fez descobertas de grande importância para a história da arte. Esta foi a primeira vez que se fez uma escavação do conjunto da igreja como tal. Até esta data haviam sido realizadas apenas pequenas “catas”. Possivelmente estejamos falando da primeira grande igreja do românico espanhol, anterior inclusive à Catedral de Jaca, embora ainda falte a opinião definitiva dos especialistas.
A princípio se havia pensado também em uma intervenção na torre da igreja, mas os trabalhos arqueológicos esgotaram o orçamento.
Outras obras
A restauração do Refeitório (antigo comedor monacal) está bem avançada. Nesta ocasião, os religiosos contaram com o financiamento da empresa Ferrovial que investiu ao redor de meio milhão de euros.
No ano passado se estreou a iluminação exterior e interior do Mosteiro de Yuso, um projeto que recebeu a colaboração da Fundação Iberdrola com 120.000 euros.
Aumentou o número de visitantes, as atividades são cada vez mais numerosas e os agostinianos recoletos desdobram para acolher a todos. Os agostinianos recoletos calculam que, até o presente momento, o Governo Regional de La Rioja investiu no Mosteiro em torno de 16 milhões de euros.
Mosteiro vivo
O encargo de preservar para este Mosteiro se iniciou em 1878 quando três frades agostinianos recoletos chegaram ao vale de San Millán para cuidar do Mosteiro de Yuso. Aquele edifício que encontraram agora está bem diferente do atual: um enorme recinto totalmente em ruína e em contínuo espolio. Hoje o Mosteiro de Yuso tem vida própria, encarnada nos religiosos que vivem nele. Desde que em 1997 a UNESCO declarou o conjunto monacal de Yuso e Suso Patrimônio da Humanidade, os afazeres diários da comunidade se multiplicaram. Aumentou o número de visitantes, as atividades são cada vez mais numerosas e os agostinianos recoletos desdobram para acolher a todos: peregrinos do Caminho de Santiago, estudiosos em busca das raízes da Língua Castelhana e da Euskera, espíritos inquietos em busca do remanso de paz existente na Casa de Espiritualidade e turistas de todo o mundo em busca da beleza e da cultura salvaguardada por estes religiosos.