Una de las paradas obligadas cuando se visitan las comunidades agustino recoletas de Manila es la Basílica Menor de San Sebastián. Situada en el barrio de Quiapo, es la sede de la parroquia del mismo nombre y del Santuario Nacional de Nuestra Señora del Monte Carmelo.
El edificio se ubica en el lugar en el que se erigió la iglesia original de madera, que se incendió en 1651. Las posteriores construcciones que la sustituyeron, hechas de ladrillo, también fueron destruidas por el fuego y los terremotos en 1859, 1863 y 1880. Por ello, en este último año se le pidió al arquitecto español Genaro Palacios que proyectase un edificio que estuviese construido por completo de acero, para hacer frente a esos riesgos. En el diseño que realizó se fusionaron los estilos barroco y neogótico, con evidente predominio de éste último. Además, está claramente inspirado en la Catedral de Burgos.
Las secciones prefabricadas de acero se construyeron en Bélgica y las vidrieras en Alemania, aunque el ensamblaje y los últimos retoques fueron realizados por operarios y artesanos locales.
El Papa León XIII le otorgó a la Iglesia de San Sebastián el título de Basílica menor en 1890. Las obras concluyeron al año siguiente, en 1891, que fue cuando se consagró el templo.
Se considera que se trata del primer edificio prefabricado y de la única iglesia prefabricada con acero del mundo y está reconocida por la UNESCO como la única iglesia o basílica de acero de Asia. Asimismo, por la Orden de los agustinos recoletos se sostiene que se trata del primer edificio de acero de Asia y el segundo del mundo, detrás de la Torre Eiffel.
Desde hace algún tiempo, la brisa marina de la bahía de Manila ha afectado a algunas de las estructuras de acero que conforman el edificio, que ha sufrido los efectos de la corrosión.
Por eso, en fechas recientes se han iniciado los trabajos de rehabilitación de la cúpula, que progresan adecuadamente. Se han retirado de sus laterales las secciones delaminadas de pintura y otros revestimientos. Además, de manera progresiva, se están aplicando tratamientos anticorrosivos en las columnas, la crestería, los pináculos y los muros que componen el conjunto de la cúpula.
En el futuro, se aplicará a esos mismos elementos otras medidas de impermeabilización.
La Basílica fue declarada Monumento Histórico Nacional en 1973. En mayo de 2006 se la incluyó en la Lista Indicativa de la UNESCO para su posible designación como Patrimonio de la Humanidad, debido a su valor artístico excepcional.