Se trata de una obra de gran envergadura y con un presupuesto elevado. En total son 4,6 millones de euros sufragados por la Fundación San Millán y la Fundación Caja Madrid (dos millones cada una) y la propia Orden de Agustinos Recoletos que aporta seiscientos mil euros. La bóveda central, el crucero y los tejados se han podido restaurar gracias a la generosidad de un donante anónimo. Actualmente se está acometiendo el trabajo de recuperación en el interior de la iglesia y la restauración de los retablos.
Interior
La empresa “Comsa” ha efectuado la excavación del suelo y ha llevado a cabo los preceptivos estudios arqueológicos. Ya han finalizado las obras de cantería en las columnas que sustentan la iglesia y ahora están colocando el nuevo pavimento de piedra. Al mismo tiempo van restaurando las bóvedas laterales con el enfoscado y la pintura de los muros interiores. Esta parte de la obra está muy adelantada. Podríamos decir que ya se ha terminado más de la mitad de la iglesia.
Retablos
“In situ” es el nombre de la empresa encargada de las labores de restauración de las pinturas murales, los retablos y los muebles de la iglesia incluidas las sillerías de los coros superior e inferior. También las obras están muy avanzadas. A excepción del retablo principal, todos los demás ya están restaurados. En estos momentos trabajan en la recuperación y el tratamiento de las pinturas ubicadas en la capilla de San Agustín.
A pesar del andamiaje que cubre parte de los muros y del papel que oculta todas las zonas restauradas, la iglesia presenta un aspecto entre novedoso y esperanzador. En algunos sectores se adivina lo que será dentro de pocos meses esta parte tan importante del monasterio en la que no se había intervenido antes a causa del elevado costo de las reparaciones.