Trata-se de uma obra de grande envergadura e com um elevado investimento. No total são 4,6 milhões de euros fornecidos pela Fundação San Millán e pela Fundação Caja Madri (2 milhões cada) e a própria Ordem dos Agostinianos Recoletos que aporta seiscentos mil euros. A abóbada central, a cruz e os telhados foram restaurados graças à generosidade de um colaborador anônimo. Atualmente está sendo realizado o trabalho de recuperação no interior da igreja e a restauração dos retábulos.
Interior
A empresa “Comsa” tem efetuado a escavação do solo e realizado os necessários estudos arqueológicos. Já finalizaram as obras de cantaria nas colunas que sustentam a igreja, e agora estão colocando o novo pavimento de pedra. Ao mesmo tempo vão restaurando as abóbadas laterais com o reboco e a pintura das paredes interiores. Esta parte da obra está bem adiantada. Poderíamos dizer que já se terminou mais da metade da igreja.
Retábulos
“In situ” é o nome da empresa encarregada dos trabalhos de restauração dos murais, dos retábulos e dos móveis da igreja, inclusive as cadeiras dos coros (superior e inferior). Estas obras também estão bem avançadas. A exceção do retábulo principal, todos os demais já estão restaurados. Nestes momentos trabalham na recuperação e tratamento das pinturas da capela de Santo Agostinho.
Apesar do conjunto de andaimes que cobre parte dos muros e do papel que oculta as partes restauradas, a igreja já apresenta um aspecto como que novo e de esperança. Em alguns setores já é possível imaginar o que será dentro de poucos meses esta parte tão importante do mosteiro na qual não se interveio antes por causa do elevado custo dos reparos.